Yr oedd Ynys Môn yn rhan ganolog o diriogaeth arglwyddi a thywysogion Gwynedd yn y canol oesoedd gyda phencadlys a phrif lys y Dywysogaeth yn Aberffraw.
Yn dilyn y Goncwest gan Edward I yn 1282, a drefnwyd tiroedd y dywysogaeth a ducpwyd hi o dan awdurdod a gweinyddiaeth uniongyrchol y goron. 0 dan y drefn newydd, rhannwyd Gwynedd yn dair sir (shire) ar yr un patrwm â Lloegr. Gwnaed y fwrdeistref newydd o gwmpas y castell ym Miwmares (Beaumarais) yn bencadlys lleol a chanolwyd nodweddion milwrol a chyllidol y tair sir yng Nghaernarfon.
Yn 1535 ad-drefnwyd gweinyddiaeth rhai o'r siroedd Edwardaidd Cymreig, gan gynnwys Môn, pan sefydlwyd swydd yr ynad heddwch am y tro cyntaf, ar batrwm siroedd Lloegr eto, i reoli llywodraeth leol a chadw trefn. Bu hyn yn gynsail i'r ad-drefnu gweinyddol cyflawn a gafwyd yng Nghymru gyda'r deddfau uno yn 1536 ac 1543. Cadarnhawyd statws Môn fel un o'r tair sir ar ddeg Cymreig, bob un o dan awdurdod ynadon heddwch - wyth i bob sir ar y cychwyn - ac yn gweithredu yn eu llys chwarter, a gyfarfyddai gan amlaf ym Miwmares yn achos Môn.
Am dros dair canrif bu llywodraeth leol Môn yn nwylo tirfeddianwyr a gŵyr mwyaf dylanwadol yr ynys ac fe barhaodd hyn hyd 1888-89.
Ychwanegwyd at waith yr ynadon heddwch gryn dipyn dros y canrifoedd hyn, nid yn unig wrth gadw heddwch a chynnal llysoedd cyfraith a charchar Biwmares ond hefyd trwy weinyddu ffyrdd a phontydd ac arolygu lles y tlodion a chrwydriaid. 0 ran ansawdd y ffyrdd, ychwanegwyd at gyfrifoldebau'r llys chwarter pan agorwyd y ffordd dyrpeg o Amwythig i Gaergybi a phan adeiladwyd ac agorwyd Pont y Borth yn 1826 - y ddau beth yn tanlinellu pwysigrwydd Môn yn y cysylltiadau rhwng Prydain ac Iwerddon.
Yn y bedwaredd ganrif ar bymtheg cafwyd dau newid arall o bwys yn hynt y sir. Ar un law, fe sefydlodd y sir, fel pob sir arall, ei heddlu ei hun yn dilyn deddf yn 1856. Ar y llaw arall, gwelwyd yr elfen o gydweithredu rhwng siroedd yn datblygu pan benderfynodd y llys chwarter yn 1846 gyfrannu at sefydlu Ysbyty Meddwl Gogledd Cymru yn Ninbych (1848). Golygai'r ddau newid dwf sylweddol yng nghyllid y sir a chryn gyfrifoldeb ar yr ynadon.
Erbyn 1888 yr oedd gan y llys chwarter lawer iawn o gyfrifoldebau gweinyddol a chyfreithiol ond heb fod yn atebol i'r cyhoedd. Yn y flwyddyn honno pasiwyd Deddf Llywodraeth Leol a sefydlodd gynghorau sir etholedig am y tro cyntaf. Yr oedd Môn yn un a elwodd ar hyn.
Yn 1889 trosglwyddwyd yr holl gyfrifoldebau gweinyddol a lles i'r cyngor etholedig cyntaf (56 aelod). Yn wir, ychwanegwyd at y cyfrifoldebau hyn, yn arbennig ym maes addysg uwchradd ac addysg dechnegol ac amaethyddol. Adleoliwyd y gwaith hwn i gyd yn Llangefni, a oedd yn fwy canolog na Biwmares, ac erbyn 1896 agorwyd neuadd sir newydd yno.
Rhannwyd y cyfrifoldeb am yr heddlu rhwng y cynghorwyr a'r ynadon heddwch drwy ffurfio Cyd-Bwyllgor Sefydlog (Standing Joint Committee) a barha i gyfarfod ym Miwmares.
Yn gymdeithasol, golygai'r newidiadau llywodraethol mai dyma ddiwedd ar arweiniad gwyr tiriog ac yn eu lle daeth y dosbarth canol masnachol ac amaethyddol i reoli. Yn wleidyddol, golygai mai i afael y Blaid Ryddfrydol daeth y gyfundrefn lywodraethol leol yng Nghymru, ac ym Môn yn anad unman.
Gyda phasio Deddf Addysg 1902, rhoddwyd cyfrifoldebau helaeth i lywodraeth leol dros addysg gynradd ac uwchradd. Er mor ddadleuol oedd y ddeddf, oherwydd rhesymau enwadol, arweiniodd Môn y fordd ymhlith awdurdodau gwIedig drwy ddarparu addysg gynradd o safon uchel ac mewn ysgolion cyngor newydd.
Yn yr 1920au a'r 1930au chwaraeodd Môn ran flaenllaw wrth ddatblygu'r arolygiaeth feddygol yn yr ardaloedd gwledig a wrth ddechrau codi tai cyngor i drigolion gwledig.
Erbyn hyn yr oedd yr elfen bleidiol yn gwanio yng ngwead y cyngor. Er bod cynrychiolwyr y tair plaid fawr i'w cael ar y cyngor (a chynrychiolwyr pleidiau eraill hefyd ar 61 yr ail ryfel byd), cymeriad 'annibynnol' a nodweddai'r cyngor mwy mwy erbyn 1939 pan ddathlwyd Jiwbilî sefydlu'r cynghorau sir yn 1939.
Yn ystod yr ail ryfel byd ataliwyd ar rai o bwerau cynghorau sir gan y llywodraeth ganol, yn arbennig mewn materion diogelwch a lles, a rhoddwyd awdurdod i gyrff ad hoc annemocrataidd o dan awdurdod comisiynwyr rhanbarthol. Er gwarthaf hyn yr oedd yn gyfle i gynghorau fel un Môn i adolygu'r hyn a fu ac i ystyried cyfeiriadau newydd.
Un cyfeiriad newydd oedd hwnnw a gymerodd Pwyllgor Addysg Môn o dan arweiniad ei Gyfarwyddwr, E.O. Humphreys, rhwng 1946 ac 1948. Y sir fu'r awdurdod mwyaf blaengar yn darparu cynlluniau arloesol ar gyfer cyflwyno addysg uwchradd cyfun. Gwireddwyd yr amcanion yn 1949 pan gychwynnodd Ysgol Uwchradd Caergybi fod yn ysgol gyfun o dan arweiniad ei phrifathro, Trevor Lovett.
Lluniwyd Cynllun Datblygu cyflawn gan y sir yn 1954 a anelai at adfer cyflwr trefi'r sir, gwella'r gwasanaethau i'r ardaloedd gwledig ac a baratodd gynlluniau at ddatblygiadau economaidd.
Yn yr 1960au ymatebodd y Cyngor yn adeiladol i'r farn bod eisiau cyfuno pwerau cynghorau llai i wynebu gofynion Prydain y wladwriaeth les. Bu Môn yn amlwg wrth lunio sylwadau ar y cyd efo siroedd Caernarfon a Meirionnydd am ddyfodol llywodraeth leol.
Amlygwyd yr ysbryd cydweithredol hefyd pan ymunodd Môn efo holl siroedd gogledd Cymru i sefydlu Heddlu Gogledd Cymru yn 1966.
Cyfunwyd y sir gyda Chaernarfon a Meirionnydd i greu sir newydd Gwynedd yn 1974. Yr oedd yn rhan o'r ad-drefnu cyfoes yn llywodraeth leol Prydain a hefyd yn ymateb i dwf gweinyddiaeth ddatganoledig yn sgil sefydlu'r Swyddfa Gymreig yn 1964.
Serch hyn, ni ddiflannodd hunaniaeth Môn yn gyfan gwbl. Parhaodd yr ynys fel is-uned gyda statws cyngor bwrdeistrefol a bu hyn yn sylfaen i adfer ei hen statws yn 1995-6 yn y galw am lywodraeth leol agosach at y bobl.